كان للمؤسسة الاستشراقية حضورٌ ملموسٌ في مجمل أفكار فيلسوف الهند وشاعرها الشهير محمد إقبال (1877-1938)؛ إذ تمكنت هذه المؤسسة من ترك بصمات واضحة في بعض نواحي تفكير إقبال، خاصة في ما يتعلق بموقفه من معالجة قضية التوجهات الفكرية في العالم الإسلامي المعاصر، وتنامي الاتجاهات الداعية للتحديث فيها. ويمكن تلمس أثر المؤسسة الاستشراقية في فكر إقبال من خلال كتابه الشهير تجديد التفكير الديني في الإسلام (1928)، وعالج فيها جوانب تتعلق بقضايا تجديد الفكر الديني في الإسلام؛ فعمد في معرض معالجته تلك إلى عرض آراء العديد من المستشرقين ممن بحثوا في هذا الجانب، وحرص على دحض بعض النظريات الاستشراقية التي وجدها قائمة على أسس غير علمية.